Web page of Kei IIDA @KINDAI Univ. Japan.

A Researcher Working on Computational Biology and Bioinfomatics

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News

令和5年度、卒業論文タイトル
m6A readerタンパク質YTHDF1依存的な翻訳促進及びその結合様式についての研究
CD8⁺ T細胞の疲弊に伴う遺伝子発現変動の解析
IRF4遺伝子領域内のSNPが色素班リスクに関わるメカニズムの研究
高温条件下の生体における液-液相分離を介した転写制御
有毛細胞再生過程におけるAtoh1の転写制御の解明
口腔マイクロバイオームにおけるトラジェクトリー解析

  • 東京工業大学の峯岸 美紗さん（現・京都大学所属）との共同研究成果が、ネイチャー・パブリッシング・グループ・Nature Communications誌より公開されました。(2023/12/05)
    蛍光タンパク質を利用して、生体内で近接する細胞をラベリングする技術を開発した論文です。
    飯田は、一細胞RNA-seqデータの解析・解釈でちょっとだけお手伝いさせていただきました。
    ご興味のある方は、プレスリリースもご覧ください。

  • 京都大学・医学研究科・萩原正敏研究室の黒澤 凌さんの研究成果が、BMC Genomics誌より公開されました。(2023/10/10)
    いままで困難だった、深部イントロン中のバリアントについて、遺伝病の原因となりうるRNAスプライシングの異常を予測する深層学習モデル(AI)であるPDVIVASを開発した論文となります。
    解析プログラムはGithubから公開されています。(PDIVAS @Github)
    飯田は研究のプランニング時に黒澤さんに協力させてもらいました。

  • 第1回 Kansai RNA Clubにて研究紹介を行いました。(2023/08/18)
    2020年iScience誌に掲載された研究成果に基づき、
    「多層バイオインフォマティクス分析によるRNA結合タンパク質の機能的結合標的の分離」というタイトルで発表を行いました。

  • 近畿大学の早坂 晴子先生との共同研究成果が、Cancer Science誌より公開されました。(2023/07/08)
    ケモカインCCL21-Serが悪性黒色腫においてリンパ球移動を誘導する機能を持つことを明らかにした論文です。 飯田は、CIBERSORTxというツールを使って、The Cancer Genome Atlasから得られたトランスクリプトームデータから、がん周辺に存在すると考えられる免疫系細胞の存在量予測に取り組みました。 近畿大学に移動してから行った研究の、初めての論文成果となります！
    ご興味のある方は、プレスリリースもご覧ください。

  • 第24回 日本RNA学会年会@那覇にて口頭発表を行いました。(2023/07/05)
    発表タイトルは"A common SNP in the OAS1 gene influences the strength of innate immunity through selection of the terminal exon.“でした。
    ※口頭発表プログラム

  • 京都先端科学大学の田畑 修先生が代表者をされます、科研費基盤Aが採択されました。(2023/04/01)
    研究課題名は「リアルタイム温度マッピング可能な生体外ヒト肝疾患モデル構築と疾病機序解明への応用」です。
    飯田はリアルタイム温度マッピングを実施した細胞のRNA-seq解析を担当する計画です。

  • RNAスプライシング分野で共同研究をしている網代 将彦先生が、国立がん研究センターに異動されました。(2023/04/01)
    ご栄転、おめでとうございます！

  • ニューヨーク州立大学の亀井 謙一郎先生との共同研究成果が、ネイチャー・パブリッシング・グループ・Communications Biology誌より公開されました。(2023/3/23)
    亀井先生のグループで開発された、腸-肝臓軸（GLA; Gut-liver axis）を再現するマイクロチップを使って、アルコール性脂肪性肝疾患の病態の解明にアプローチした論文です。
    飯田は、RNA-seqデータ解析担当で参画しました。
    ご興味のある方は、プレスリリースもご覧ください。

  • 京都大学がん免疫総合研究センター主催の国際シンポジウム(３月４日開催）にて口頭発表の機会をいただきました。(2023/02/21)
    飯田の発表タイトルは「RNA splicing is a crucial layer of omics analysis: The stories of cancer neoantigens and COVID-19 precision medicine」です。
    RNA splicingを中心に、がんネオ抗原やCOVID-19とも関連する自然免疫関連遺伝子の個人差の話を紹介する予定です。

  • 京都大学大学院 医学研究科 萩原 正敏 研究室所属時の研究成果がScience Translational Medicine誌より公開されました。(2022/11/30)
    京都大学大学院 医学研究科の本庶 佑 先生のグループとの共同研究となります。
    RNAスプラシングを変化させる効果を持つ低分子化合物RECTASを用いることで、がん細胞中のネオ抗原の産生を増やし、結腸直腸癌モデルマウスにおいてがん免疫療法の効果を増強できることを示した研究です。
    飯田はRNA-seqのデータ解析を担当し、低分子化合物処理時に生じるスプライング変化を同定や、ネオ抗原候補の探索を担当しました。
    プレスリリースはこちらになります 。

  • 京都大学眼科学教室の池田 華子先生、長谷川 智子先生らとの共同研究成果がScientific Reports誌より公開されました。(2022/09/28)
    京都大学医学研究支援センターに所属していた時期の共同研究成果です。
    京都大学の垣塚彰先生らが研究・開発されてきた新規神経保護剤 KUS121について、緑内障マウスモデルの網膜神経節細胞における薬効の分子メカニズムを探索した論文です。（KUS121についてのプレスリリース）
    飯田はRNA-seqのデータ解析や関連パスウェイの探索をお手伝いしました。

  • 九州大学 総合理工学研究院 村田 亜沙子准教授らとの共同研究成果がACS Chemical Biology誌より公開されました。(2022/09/23)
    京都大学医学研究支援センターに所属していた時期から継続していた共同研究で、 近畿大移動後に初めて行った研究にもなります。
    RNA二本鎖にに結合する低分子化合物がどのようなpre-miRNAに対して、mature miRNAへの成熟を阻害するかを解明しています。
    低分子の性質の面白さはもちろん、 small RNA-seqの結果の解釈方法など、データ処理の面でも見るべき箇所の多い論文だと思っています。

  • 京都大学 医学研究支援センターの開設10周年セミナーで講演します。(2022/09/07)
    医学研究支援センターでのバイオインフォマティクス支援活動の経験や、研究成果の紹介を交えながら、
    バイオインフォマティクス解析を始めたばかりの方や、これから始めようとしている方にメッセージを発信したいと考えています。

  • 福井大学 泌尿器科学分野 寺田直樹教授らとの共同研究成果がCancer Reports誌より公開されました。(2022/08/09)
    去勢抵抗性前立腺癌のバイオマーカー・分子治療標的の候補として、インターロイキン-13受容体（IL13Rα2）の特徴づけを行いました。
    寺田先生と飯田が京都大学に所属していた時期より継続していた共同研究の成果です。
    飯田はマウス前立腺癌 xenograftモデルを対象としたRNA-seq解析に協力しました。

  • 京都大学 iPS細胞研究所(CiRA) 井上治久研究室の研究員(非常勤)を兼任となりました。(2022/06/29)
    ALSなどのゲノム解析に関連してお手伝いをさせていただいています。

  • 近畿大学 理工学部 生命科学科の講師に着任しました。(2022/04/01)
    バイオインフォマティクスや生物統計学の講義を担当します。
    研究室名は「生物データサイエンス研究室」としました。
    ビッグデータ解析がさらに生命科学を発展させていくこと、また、その一助になりたいとの希望を込めての命名です。

  • 京都大学大学院 医学研究科 医学研究支援センターを退職しました。(2022/03/31)
    2012年9月から10年弱の所属となりました。
    支援センターの皆様、萩原正敏研究室の皆様、大変お世話になりました。
    なお、医学研究支援センターでは客員研究員として活動を継続させていただきます。

  • 論文がプレプリントサーバーbioRxivより公開されました。(2021/08/24)
    論文タイトルは
    “Switching of OAS1 splicing isoforms mitigates SARS-CoV-2 infection”
    です。
    Cold Spring Harbor meetingでの発表内容と対応しています。
    低分子化合物を使いOAS1遺伝子のRNAスプライシングを変化させることで、自然免疫を強化し、新型コロナウィルス(SARS-CoV-2)のヒト細胞への感染を低減させるという内容です。
    論文は現在、査読中です。

  • Cold Spring Harbor meeting (Eukaryotic mRNA Processing)に参加します。
    発表演題が口頭発表に採択されました。(2021/07/28)
    “Switching of OAS1 splicing isoforms mitigates SARS-CoV-2 infection”
    というタイトルで発表します。
    開催期間は8月24日 - 27日で、Virtual開催となります。

  • 京都大学 網代 将彦先生らの論文が Nature Communications誌より公開されました。(2021/07/23)
    飯田は低分子化合物(RECTAS)処理で生じるRNAスプライシング変化の網羅的解析のパートで協力しました。

  • 神経細胞におけるRNA結合タンパク質の機能解明について、共同研究をしている武内章英先生が、愛媛大学　医学部に異動されました。(2021/06/01)
    ご栄転、おめでとうございます！

  • 中枢神経系・エピトランスクリプトミクス分野で共同研究をしている王丹先生が、理化学研究所 生命機能科学研究センター（BDR）に異動されました。(2021/04/12)
    ご栄転、おめでとうございます！

  • UWE Bristol大学、Michael R. Ladomery教授、Simon Uzor博士らの論文が Scientific Reports誌より公開されました。(2021/04/12)
    飯田はCLK阻害剤処理で生じるRNAスプライシング変化の網羅的解析のパートで協力しました。

  • 京都大学、保川清先生との共同研究成果の論文が Protein Eng Des Sel.誌より公開されました。(2021/04/07)
    飯田は高速シークエンサーデータを用いて、逆転写酵素のエラー率を定量する部分で協力しました。

  • 京都大学、武内章英先生と進めていますRNA結合タンパク質SFPQ関連の論文が引用されました。(2021/03/25)
    Lopes I et al. “Gene Size Matters: An Analysis of Gene Length in the Human Genome.” Front Genet. 2021
    イントロンを含んだ遺伝子の長さを転写制御の重要なファクターとして扱うという研究は、今後より活発になっていくことと思います。

  • 理化学研究所 所属時の恩師である篠崎一雄先生が、The American Society of Plant Biologistsのメンバーに選出されました。(2021/03/11)
    おめでとうございます！！

  • 京都大学、形態形成機構学教室、豊本雅靖先生の論文がCell Chemical Biology誌より公開されました。(2021/02/08)
    飯田はRNA-seqデータを解析し、新規化合物：ALESIAが作用するパスウェイの予測を行いました。
    論文には登場しませんが、ALESIAの他にいくつかの既知化合物で処理した細胞でもRNA-seqデータを取得し、ALESIA特異的な遺伝子発現変動を検出するというチャレンジもおこなっています。

  • 京都大学、耳鼻咽喉科、松永麻美先生の論文がFrontiers in Cellular Neuroscience誌より公開されました。(2020/11/17)
    医学研究支援センターのバイオインフォマティクス受託解析をご利用していただきました。

  • 京都大学、形態形成機構学教室、武内章英先生の論文がStem Cell Reports誌から公開されました。(2020/10/13)
    飯田はバイオインフォマティクス解析に参加しています。

  • iScience誌論文のプレスリリースが公開されました。(2020/07/07)

  • 論文がiScience誌から公開されました。(2020/06/27)
    CLIP-seqデータを対象として、機能的に重要なRNA-タンパク質相互作用を見つけ出すためのバイオインフォマティクス手法を報告しています。

  • ホームページを公開しました(2020/06/25)